Le centre-bourg de Lembeye est équipé d’un réseau d’assainissement collectif desservant 320 abonnés.
Construite route de Peyrelongue en 2016-2017 et mise en service le 19 octobre 2017, la nouvelle station d’épuration, de capacité 1 000 équivalents-habitants, permet de traiter les eaux usées par un système compact de disques biologiques, et de retenir l’effluent traité sur une zone végétalisée d’infiltration et d’évaporation lorsque le débit du Petit Lees n’est pas suffisant pour recevoir le rejet, c’est-à-dire de juin à novembre.
La construction de cet équipement s’inscrit dans le cadre du schéma directeur d’assainissement finalisé en novembre 2010, répond à l’arrêté préfectoral du 27 juillet 2010, par lequel la Commune était mise en demeure de mettre en conformité son système d’assainissement des eaux usées, et concrétise huit années d’études, d’argumentaires, de démarches et de recherches de financements.
Les travaux de mise en conformité, réalisés sur les années 2016, 2017 et 2018, ont également eu pour objet de créer un réseau de collecte assurant la séparation des eaux usées et pluviales dans les secteurs Sud et Sud-Ouest du centre-bourg, et de restructurer le site de l’ancienne station d’épuration, chemin de la Ligne, pour y créer un bassin tampon et un poste de refoulement permettant de transférer les effluents vers la nouvelle station.
Le coût de l’opération avoisine 920 000 € HT pour la station d’épuration et 1 280 000 € HT pour le réseau, financé à 60% par l’Agence de l’Eau Adour-Garonne, 20% par le Département des Pyrénées-Atlantiques et 20% par la Commune.